созданы с целью развития системы высшего профессионального образования, оптимизации региональных образовательных структур и укрепления их связей с экономикой и социальной сферой федеральных округов.
Первые федеральные университеты были созданы в 2007 году в Южном и Сибирском федеральных округах в рамках приоритетного национального проекта: в Ростове-на-Дону – Южный федеральный университет, созданный на базе Ростовского государственного университета, и в Красноярске – Сибирский федеральный университет, созданный на базе Красноярского государственного университета.
21 октября 2009 года Президент России подписал указ о создании пяти новых федеральных университетов в Северо-Западном, Приволжском, Уральском и Дальневосточном федеральных округах. 13 октября 2010 года был подписан указ о создании Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта.
Северный (Арктический) федеральный университет создан в Архангельске на базе Архангельского государственного технического университета; Приволжский федеральный университет – в Казани на базе Казанского государственного университета; Уральский федеральный университет – в Екатеринбурге на базе Уральского государственного технического университета; Дальневосточный федеральный университет – во Владивостоке на базе Дальневосточного государственного университета; Северо-Восточный федеральный университет – в Якутске на базе Якутского государственного университета; Балтийский федеральный университет имени Иммануила Канта – в Калининграде на базе Российского государственного университета имени Иммануила Канта.
В федеральных университетах внедряются новые системы управления, а сами вузы станут интегрированными комплексами образования, науки и бизнеса, центрами инновационно-технологического развития и подготовки кадров международного уровня.